要防止查重过高导致学术不端，首先要加强学术诚信教育，引导学生正确引用参考文献，避免抄袭。同时，教师要加强学术指导，指导学生如何进行学术写作，避免过度依赖复制粘贴。另外，学术机构可以利用查重软件定期检测学生论文，及时发现问题并进行指导。最重要的是培养学生的独立思考能力，减少对抄袭的诱惑。

除了加强学术诚信教育和学术指导，学术机构还可以建立严格的学术规范和制度，明确查重标准和惩罚措施，提高学术不端成本。另外，学术期刊可以加强审稿流程，严格查重，提高发表门槛，减少学术不端行为。同时，学术界也可以加强学术交流和合作，促进学术创新，减少重复性研究，从根本上减少查重过高导致学术不端的可能性。